Юрий Дейгин: Теперь мы знаем, что еще 2-3 года назад в Ухане шли работы с неизвестными коронавирусами

В феврале 2021 мы говорили с членом-корреспондентом РАН Сергеем Нетесовым о возможной лабораторной утечке как источнике нынешней пандемии. За прошедшие месяцы эта тема не ушла с повестки. Вопросы об экспериментах по увеличению патогенности коронавирусов в Уханьском институте вирусологии перечислены в третьем письме 26 ученых во Всемирную организацию здравоохранения. Другая группа ученых потребовала расследовать источники пандемии в письме в Science. Характерно, что среди авторов письма в Science оказался даже Ральф Барик, соавтор уханьской «bat woman» Ши Чжэнли, человек, который посвятил изучению коронавирусов всю жизнь. Но прежде чем случился этот парад открытых писем, два десятка людей целый год добровольно сидели за кропотливой работой – рылись в базах данных, пытались найти новые источники информации, переводили с китайского статьи. Сегодня их называют интернет-расследователями истоков COVID-19 и цитируют их находки и открытия. Год назад их обвиняли в конспирологии. Юрию Дейгину, с которым я сделала интервью, потребовалась немалая смелость, чтобы начать задавать неудобные вопросы о происхождении SARS-CoV-2.




— Юрий, год назад вы выложили на портале HABR публицистическую статью «SARS нерукотоворный?» и впервые сформулировали вопросы о возможной лабораторной утечке SARS-CoV-2. Реакция публики на статью, насколько я понимаю, была бурная?

— В России многие отреагировали бурно и негативно. В Фейсбуке меня сразу же начала песочить Комиссия по борьбе с лженаукой. Говорили, что все это бред, конспирология…

— Конспирологических гипотез тогда хватало.

— Такие вещи возникают почти всегда, когда происходит что-то необычное. У нормальных людей это вызывает отторжение. Я тоже сначала подумал, что те, кто подозревает искусственное происхождение SARS-CoV-2, – конспирологи, очередные сумасшедшие.  Плоскоземельщики, которые на ровном месте придумывают ерунду.

— Но потом ваше отношение поменялось. Что произошло?

— Я в какой-то момент решил разобраться. Сначала хотел показать, что подозрения об искусственном происхождении вируса не имеют оснований. Но когда стал копать, удивился тому, как много в этой истории совпадений. Например, первый аргумент был: в Ухане находится институт вирусологии, изучающий вирусы летучих мышей, но самих летучих мышей в окрестностях этого города нет. Я полез в Pubmed, надеясь, что первая же ссылка покажет, что таких вирусологических центров в Китае десятки, а вокруг Уханя полно летучих мышей. Но оказалось, не все так просто. Институт вирусологии такого уровня в Китае один. Летучие мыши водятся в Юннане. Посмотрел на карту: от Уханя до Юннаня полторы тысячи километров. Далековато. И я начал изучать материал. Удивился тому, сколько всего в этом институте происходило, какие проводились gain-of-function исследования  с коронавирусами…




— Вы ведь не биолог? Учились в Университете Торонто и получили специальность computer sciences?

— Я не биолог, но уже много лет занимаюсь разработкой новых лекарств. Так что довольно подробно вникаю в вопросы молекулярной биологии.

— Итак, вы стали копать. Что вызвало у вас сомнения?

— Сомнения появились не сразу. Месяц я копался в этом материале, смотрел геномы разных коронавирусов, с которыми работали в Уханьском институте вирусологии. Помню, меня очень удивила статья, показавшая, что receptor binding domain (RBD) нового коронавируса лучше всего связывается с человеческим ACE2 рецептором, а не с летучемышиным. Была еще загадка – у одного панголина ещё в марте 2019 года, оказывается, был вирус с таким же RBD как у SARS-CoV-2. Но при этом с панголиновым рецептором этот RBD всё равно связывался хуже, чем с человеческим. Кроме того, эта уже знаменитая на весь мир вставка в геноме SARS-CoV-2 двенадцати нуклеотидов, кодирующая так называемый «сайт расщепления фурином», который, по видимости, играет важную роль в вирулентности COVID-19. Такого сайта нет ни у кого из других родственников нового коронавируса в семействе SARS-like вирусов (Sarbecoviruses). Я задался вопросом, могла ли эта вставка быть рукотворной. И сделал вывод: вполне. Такими вставками вирусологи занимаются уже довольно давно. К тому же, существуют «бесшовные» технологии, не оставляющие следов генноинженерной работы.

— Меня впечатлила та часть вашей статьи, где вы описываете мировую гонку gain-of function research, в которой Ши Чжэнли, руководитель лаборатории коронавирусов Уханьского института вирусологии, прославившаяся как «bat woman», сыграла большую роль.

— У современных вирусологов много удобных методов быстро «скрещивать» разные штаммы вирусов, а затем последовательно заражать ими культуры клеток или животных, чтобы исследовать их патогенный потенциал и возможность заражения людей. В Ухане этим занимались очень активно.

— То есть, у вирусологов в Ухане была возможность создать SARS-CoV-2?

— Конечно, хотя это не обязательно должно означать, что они создали вирус SARS-CoV-2 и что произошла утечка. Но утечки из лабораторий в истории случались неоднократно. И я сказал, что такую вероятность нельзя просто так сбрасывать со счетов.




— Потом вы перевели свою статью  на английский язык. Какая была реакция англоязычных читателей?

— Западные ученые к тому времени разделились. С одной стороны, были представители академического сообщества, которые еще в феврале 2020 выступили с письмом в Lancet и сразу обозначили, что любое упоминание утечки – ересь и конспирология. На мой взгляд, у них не было серьезных аргументов против лабораторной гипотезы. Но им важно было закончить разговоры об утечке, потому что такая история могла бы прекратить финансирование исследований gain-of-function и просто остановить многие их работы.

— Сейчас мы знаем, что среди авторов того письма в Lancet был президент американского EcoHealth Alliance Питер Дашак, через чью организацию шло финансирование опытов gain-of-function в Ухане…

— Конечно, ему и его организации история с утечкой вируса сильно бы повредила. Видимо, отсюда желание во что бы то ни стало заткнуть рот тем, у кого возникли сомнения. Но постепенно стали появляться и другие люди – те, что не были уверены в утечке, но считали, что нельзя сбрасывать лабораторную гипотезу со счетов, пока ее досконально не изучили. Когда я опубликовал англоязычный вариант своей статьи, то получил письмо от микробиолога Россаны Сегрето – она итальянка, работает в Австрии. Выяснилось, что практически одновременно со мной она опубликовала на ResearchGate препринт своей статьи со схожими вопросами. Она предложила мне стать соавтором научной публикации на эту тему. Я согласился, помня, что один из аргументов против меня в русскоязычных дискуссиях был: «Все это ненаучная ерунда». Мол, когда опубликуете  статью в рецензируемом журнале, тогда и поговорим. К тому времени в Nature Medicine вышла самая, пожалуй, известная статья Кристиана Андерсона и соавторов «The Proximal Origin of SARS-CoV-2», в которой практически полностью отрицалась возможность искусственного происхождения нового коронавируса. Мы с Россаной ответили на эту статью и привели свои аргументы. По сравнению с начальным препринтом текст увеличился в пять раз и сильно видоизменился, поскольку всплывали все новые и новые подробности.




Например, в мае 2020 выяснилось, что Уханьский институт вирусологии удалил из Интернета свою внутреннюю базу данных по вирусам. До этого какой-то умный айтишник обнаружил эту базу и увидел, что 30 декабря 2019 ее описание сильно изменили. Изначально она носила название «База данных по скачкам вирусов между организмами». Но потом её переименовали в что-то вроде «Базы данных патогенов крыс и летучих мышей». Я перепроверил это сам. Перевел на английский язык два варианта описания базы – ранний и поздний — и сличил их. Оказалось, что, помимо прочего, в описании базы слова «летучие мыши и другие организмы» заменили на «крысы». Комаров и клещей тоже заменили на крыс. Это было очень странно. В описании базы указывалось, что она доступна для скачивания. Я попробовал ее скачать, но обнаружил пустой файл. Возможно, ее удалили еще 30 декабря, когда меняли описание. Позже мы пытались восстановить эту базу данных. Писали администраторам, которые должны были за ней следить. Получили от них смешной ответ – мол, не можем ее найти, она исчезла. Потом они сказали, что вынуждены были удалить эту базу, потому что кто-то пытался ее хакнуть. Я думаю, это абсолютная, белыми нитками шитая попытка замести следы.

Всю эту информацию мы включили в нашу с Россаной статью. Она вызвала достаточно сильный резонанс. Многие ученые говорили: наконец-то есть научная статья, где приведены все факты, косвенно указывающие на возможность лабораторной утечки. Нас благодарили за смелость. Кстати, опубликовать статью было не так-то просто. Мы пытались пристроить ее в семь разных изданий. Везде нам говорили: «Спасибо, нет». И только BioEssays ее принял, за что им большое спасибо. С тех пор отношение журналов к нам во многом изменилось. Вторую статью мы опубликовали в Chemical Letters. Кстати в BioEssays должна выйти еще одна наша статья – опровергающая тезисы группы Эдварда Холмса о вставке в RmYN02, похожей на вставку в SARS-CoV-2, создавшую сайт расщепления фурином. Мы показываем, что никакая у RmYN02 не вставка, а точечные мутации.




— Вокруг вас сложилась группа интернет-детективов DRASTIC, которые занимаются расследованием происхождения SARS-Cov-2.

— Ну, не прямо уж вокруг меня. Группа родилась из обмена информацией в Твиттере. Это достаточно разношерстный коллектив, примерно два десятка человек. Все люди с очень разными квалификациями. Есть биологи, биоинформатики, специалисты по большим данным и другие. Каждый вносит свою лепту и двигает наши представления о проблеме. Есть много других независимых исследователей, внёсших свой вклад в расследование истоков SARS-CoV-2. Например, Алина Чан, постдок в MIT, в мае-июне 2020  выпустила с соавторами препринт, где сравнила адаптацию к человеку первого вируса SARS и SARS-CoV-2. Первый SARS должен был видоизмениться, чтобы начать лучше заражать человека.  Вирус постоянно менялся, закреплялись новые штаммы, но все равно он был плохо адаптирован: за всю вспышку SARS заразились шесть тысяч человек. Картина c адаптацией к человеку SARS-CoV-2 совершенно иная – ему не требовались изменения, чтобы начать очень эффективно заражать людей. Он сразу был хорошо приспособлен к человеку. С публикацией препринта у Алины Чан были такие же трудности, что и у нас с Россаной. Его никто не хотел публиковать, хотя там были объективные данные – то, что наблюдалось в клинической картине и в закреплении мутаций. После публикации препринта Алина стала достаточно популярна, и за ней закрепилась слава расследователя.

— Некоторые члены DRASTIC известны лишь по никам в Твиттере. Например, The Seeker. Кто это такой?

— Мы не спрашиваем настоящее имя. Этот человек сумел отыскать две диссертации на китайском языке – магистерскую и докторскую. Поскольку эти диссертации не переводились на английский, на Западе о них ничего не было известно. А между тем в них подробно излагается история инцидента, произошедшего в 2012 году в заброшенной шахте в Модзяне (провинция Юннань). Тогда шестеро шахтеров после того, как их отправили в шахту чистить экскременты летучих мышей, заболели пневмонией с симптомами, похожими на COVID-19. Трое из них умерли. У шахтеров в крови обнаружили антитела к вирусу SARS. В 2013 году ученые Уханьского института вирусологии выделили в этой пещере несколько новых SARS-подобных коронавирусов. В том числе, как позже сообщили китайцы, там был обнаружен вирус RaTG13 – самый близкий на сегодняшний момент известный родственник SARS-CoV-2.

— Но все же недостаточно близкий, чтобы быть его предшественником?

— Утверждается, что кроме RaTG13, в пещере нашли еще восемь новых SARS-подобных коронавирусов. Поскольку база вирусов Уханьского института вирусологии недоступна, о них нет информации.




— Странно, что образец RaTG13 не сохранился. Китайцы заявляют, что он был утрачен и потому невозможно его дальнейшее секвенирование…

— Можно предположить, что это, скорее всего, не так. Любой уважающий себя вирусолог, когда находит интересный вирус, пытается его культивировать. Вообще история с RaTG13 – яркий пример того, как приходится вытягивать данные из китайцев. Такое ощущение, что они максимально пытаются спрятать информацию и раскрывают ее только тогда, когда их припрут к стенке. Думаю, мы бы долго еще не узнали о существовании RaTG13, если бы не два ученых-индуса, которые в феврале 2020 выложили препринт с описанием общих фрагментов SARS-Cov-2 вируса иммунодефицита человека.

— Эту историю немедленно подняли на знамя конспирологи, завопив, что вот оно, биологическое оружие…

— В  итоге оказалось, что эти небольшие фрагменты присутствуют и в RaTG13, то есть, это не уникальные вставки в SARS-CoV-2. Но пока Ши Чженли не опубликовала RaTG13 , об этом не было известно. Так что вполне возможно, что решение рассказать о RaTG13 было принято в спешке как раз для того чтобы опровергнуть выводы, которые многие делали из индийского препринта. Но  уханьцы почему-то решили не сообщать о том, где она нашли RaTG13, да ещё и сделали вид, что секвенировали его только что. Позже китайцы сообщили, что это один из SARS-подобных вирусов, найденных в пещере Моцзяня в 2013 году, и что раньше он проходил под названием BtCoV/4991.

— Новый вирус выделили в 2013 году, а секвенировали только в 2020?

— Здесь китайцев опять поймали за руку. Кто-то заметил, что в названиях файлов, которые опубликовал Уханьский институт вирусологии, фигурирует год – 2018. Тогда Ши Чжэнли призналась, что RaTG13 секвенировали в 2018 году. Очень странно, что в ее публикации в Nature, где впервые сообщается о RaTG13, не упомянуто ни то, что изначально он назывался BtCoV/4991, ни то, что BtCoV/4991 выделили те же самые авторы. Они не процитировали свою же собственную статью.




— В Китае работала совместная комиссия ВОЗ по расследованию причин пандемии. Как вы оцениваете ее выводы?

— Я сразу сказал, что это фарс. Спектакль, который Китай потом станет использовать в своих политических целях. С самого начала было ясно, что все это шито белыми нитками, но члены комиссии все равно должны были отыграть свою партию. Китаю нужно было квази-официальное расследование, результаты которого они могли бы предъявить: мы официально позвали экспертов, независимую комиссию ВОЗ, они вынесли решение…

— Что интернет-расследователи из DRASTIC могут противопоставить этой позиции?

— Самое свежее из того, что мы копаем сейчас, — это глубокий анализ исходных массивов данных геномного секвенирования различных уханьских лабораторий. Так называемый метагеномный анализ. Дело в том, что исходные данные по секвенированию, однажды загруженные в GenBank, в отличие от локальной базы вирусов Уханьского института вирусологии, китайцы уже не смогут удалить. Это данные о секвенировании всего и вся, которые хранятся на американских серверах. Посылая в GenBank данные о секвенировании любого нового генома, лаборатория обязана представить сырые данные – исходники того, что именно считывала машина по секвенированию. В этих сырых данных можно найти много интересного. Помимо генетического материала, который исследуется, там часто присутствуют контаминанты. Если это человеческая ДНК, там будет еще митохондриальная ДНК и в небольших количествах что-то еще, например, ДНК вирусов или бактерий, свойственных человеку. Если машина параллельно секвенировала несколько образцов из разных лабораторий, в одних образцах можно найти следы других образцов. Что мы и сделали в препринте, который недавно опубликовали. Взяли данные по секвенированию хлопка, риса и увидели, что параллельно там присутствовали два коронавируса, которые до сих пор не раскрыты в Китае. Это коронавирусы – родственники MERS. Причем один из них в reverse genetic system. Эта система используется для того, чтобы делать различные манипуляции – например, генноинженерным способом поменять шиповидный белок или фуриновый сайт. Получается, что еще 2-3 года назад в Ухане шли работы с неизвестными коронавирусами. Еще один вопрос, над которым мы продолжаем работать: есть ли здесь доказательства лабораторной утечки. Не произошла ли контаминация не только потому, что на одной машине секвенировали рис из одной лаборатории и коронавирус из другой. Важно понять, не попали ли в машину живые частицы вируса, которые могли заразить людей.

— Либо контаминация в самом аппарате, либо где-то извне?

— Да. В лабораторию, которая занимается секвенированием, могли прислать образцы, содержащие живой вирус. Вирусные частицы в виде аэрозоля могли попасть в образцы риса или чего-нибудь другого. И в маленьких количествах присутствовать в сырых исходниках. На них могли просто не обращать внимания: там все время присутствует какой-то процент контаминантов. До этой пандемии считалось, что коронавирусы летучих мышей нечасто заражают людей. Что в принципе так, потому что SARS-CoV-2 совсем не похож на летучемышиный вирус – как я сказал, он лучше всего связывается с человеческим рецептором.




— Это работа с большими данными. Как вы их анализируете?

— Это терабайты данных. Каждый прогон машины по секвенированию – несколько гигабайт. Есть программы, позволяющие анализировать этот материал удаленно и определять, что там присутствует. Например, 99,7 процента – геном риса. 0,3 процента – какие-то коронавирусы. «Ого!» – мы скачиваем этот датасет, используем несколько разных программ, способных собирать полные геномы из таких данных, и смотрим, что получается. Как я уже сказал, получилось собрать два доселе неизвестных коронавируса, не говоря уже о куче фрагментов других вирусов. Напомню, это контаминанты в данных по секвенированию риса и хлопка.

— Вы надеетесь таким образом найти следы SARS-CoV-2, если лаборатория работала с ним несколько лет назад?

— Да, надеемся. Хотя бы фрагменты его генома. Конечно, может быть недостаточно следов или следы из той части генома, которая консервативна для всех вирусов. Поэтому есть вероятность не узнать, SARS-CoV-2 это или что-то другое. Но может быть, нам повезет. Задача осложняется тем, что нет единой базы данных, где можно было бы провести единый поиск во всех этих терабайтах. Приходится в каждом эксперименте, который был закачан, искать интересующие нас фрагменты и пытаться вручную «собрать» кусочки ДНК.

— Это работа криминалиста: поиск следов преступления…

— Да, здесь нужны очень глубокие и довольно разные компетенции. У меня одного их, конечно же, не хватает. К счастью, ими обладают мои соавторы, с которыми мы опубликовали этот препринт, — китаец Дао Ю Жанг и австралиец Адриан Джоунс, оба биоинформатика очень высокого уровня.

— Как думаете, дождемся мы того, что требуют ученые в своих открытых письмах, – настоящего расследования? Или эта проблема увязнет в коридорах власти? Я вижу здесь смесь всего – научных данных, желания их скрыть, пиара, политических моментов…

— Тут политика, и у Китая нет никаких стимулов признаваться, сотрудничать. Их официальное признание мы в ближайшее время, скорее всего, не получим. Чего можно дождаться – каких-то новых открытий, фактов, от которых уже невозможно будет отвертеться.

— Например, вы найдете характерные куски вируса SARS-CoV-2 в исходниках секвенирования хлопка?

— Да. Хотя Китай, наверное, будет все отрицать.

— США, видимо, тоже невыгодно обнародовать такие вещи. Ведь исследования в Ухане во многом велись на американские деньги…

— Объективно это никому не выгодно. Возможно, США могут использовать эту историю как инструмент давления на Китай. Честно говоря, у меня есть подозрение, что Трамп уже как-то использовал ее в качестве элемента торговли. В мае 2020 он пообещал выступить с доказательствами, что произошла лабораторная утечка. Но так и не сделал этого.

— Что же, тогда будем ждать результатов независимых исследований. Хотя мне кажется, что наткнуться на подобную информацию вам поможет только случай.

— Время покажет.

Специально для Алла Астахова.Ru




© Алла Астахова.Ru